Το ειδικό Θεσμικό Πλαίσιο λειτουργίας του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων συμπεριλαμβάνει τα ακόλουθα:

1. Την Υπουργική Απόφαση ΚΑ/679/96 (Φ.Ε.Κ. 826/10.9.96, τ. Β'), όπως κυρώθηκε με το άρθ. 36 του Ν.3794/2009 (ΦΕΚ 156Α) και τροποποιήθηκε με το άρθ. 36 του Ν. 3848/2010 (ΦΕΚ 71Α), για το διάστημα έως τη δημοσίευση σε ΦΕΚ του Ν. 4485/2017.
2. Τον Ν. 4485/2017, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει.
3. Τον υφιστάμενο πριν την ψήφιση του Ν. 4485/2017 Οδηγό Χρηματοδότησης Ερευνών της Επιτροπής Ερευνών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, όπως αυτός εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
4. Τις Οδηγίες και τις Αποφάσεις της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του ΕΛΚΕ, έως την σύνταξη του νέου και Οδηγού Χρηματοδότησης και Διαχείρισης, σύμφωνα με τις προβλέψεις του άρθρου 68 και της παρ. 3 του άρθρου 87 του Ν. 4485/2017 
5. Τον Κώδικα Δεοντολογίας της Έρευνας.