Το ειδικό Θεσμικό Πλαίσιο λειτουργίας του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων συμπεριλαμβάνει τα ακόλουθα:

1. Την Υπουργική Απόφαση ΚΑ/679/96 (Φ.Ε.Κ. 826/10.9.96, τ. Β'), όπως κυρώθηκε με το άρθ. 36 του Ν.3794/2009 (ΦΕΚ 156Α) και τροποποιήθηκε με το άρθ. 36 του Ν. 3848/2010 (ΦΕΚ 71Α), για το διάστημα έως τη δημοσίευση σε ΦΕΚ του Ν. 4485/2017 και ισχύει έως 04/08/2017.
2. Τον Ν. 4485/2017, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει από 04/08/2017 έως την ψήφιση του Ν. 4957/2022.
3. Το Ν. 4957/2022 "Νέοι Ορίζοντες στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα: Ενίσχυση της ποιότητας, της λειτουργικότητας και της σύνδεσης των Α.Ε.Ι. με την κοινωνία και λοιπές διατάξεις."  όπως τροποποιήθηκε και ισχύει.
4. Τον υφιστάμενο μετά την ψήφιση του Ν. 4957/2022 Οδηγό Χρηματοδότησης Ερευνών της Επιτροπής Ερευνών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, όπως αυτός καταρτίστηκε από την Επιτροπή Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε., σύμφωνα με τις σχετικές διατάξεις του άρθρου 259 του ν. 4957/2022, και εγκρίθηκε με απόφαση του Συμβουλίου Διοίκησης του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Ο Οδηγός εφαρμόζεται με την επιφύλαξη των προβλέψεων του Εθνικού και Ευρωπαϊκού θεσμικού πλαισίου.
5. Τις Οδηγίες και τις Αποφάσεις της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του ΕΛΚΕ, έως την σύνταξη του νέου και Οδηγού Χρηματοδότησης και Διαχείρισης, σύμφωνα με τις προβλέψεις του άρθρου 68 και της παρ. 3 του άρθρου 87 του Ν. 4485/2017 
6. Τον Κώδικα Δεοντολογίας της Έρευνας.